Una sonda es un pequeño fragmento de ADN utilizado como herramienta para detectar la presencia de determinadas secuencias complementarias al ADN o ARN diana a las que suele unirse por un mecanismo de hibridación que origina una estructura bicatenaria. De este modo, una de las hebras es de la secuencia diana; la otra, pertenece a la sonda.
Una sonda es, por lo tanto, una secuencia de ADN o ARN de cadena simple utilizada para encontrar su secuencia complementaria. Además, debe realizarse en el genoma de la muestra y cumplir condiciones que logren que la secuencia complementaria se hibride con la de la sonda. Hay que tener en cuenta que las sondas son porciones de ADN o ARN marcadas de manera química o radioactiva para poder ver dónde el ADN se une. Las sondas de ADN también pueden ser utilizadas para analizar genomas o para confirmar la falta de copias de determinadas partes del genoma.